建设工程施工合同审计纠纷是有关各方对审计监督权的认识偏差导致的等，合同当事人可以选择的纠纷解决方式：和解、调解、仲裁、诉讼。
(一)纠纷原因
1、审计的概念：审计是独立检查会计账目，监督财政、财务收支真实、合法、效益的行为。
结算的概念：是指施工单位(根据合同约定及其履行情况)向建设单位提出的最终价格。
决算的概念：是指建设项目或单项工程竣工后，由建设单位向国家报告建设成果和财务状况的总结性文件。
2、被审计单位和有关单位的范围
《审计法》第3章，第2、3、19、23、33、38条
3、审计机关的职责与权限：《宪法》第109条，《审计法》第3、4章《国家审计基本准则》第5章，第37、40、41条
4、纠纷成因分析
(1)有关各方对审计监督权的认识偏差是导致审计纠纷的重要原因;
(2)审计机关的独立性得不到保证可能导致纠纷;
(3)工程造价的技术性问题。
(二)处理途径
1、合同当事人可以选择的纠纷解决方式：和解、调解、仲裁、诉讼
2、审计活动当事人可以采取的纠纷解决途径;
(1)首先确认审计活动中各方的行政法主体资格
(2)在行政法制监督关系中，被审计单位是行政主体，可得的救济权利和救济方式是申请行政复议。
(3)行政机关以外的金融机构、企事业单位作为被审计单位，是行政相对人，救济方式是行政复议或行政诉讼。